云南矮马形成和饲养历史已相当悠久。我国古代从西汉至清代史籍中均有矮马的记载。《通鉴》称“汉厩有果下马，高三尺，以驾辇，师古曰：小马可于果下乘之，故曰果下马”。《宋史马政》“称羁縻马产西南诸蛮，短小不及格”。清《滇海虞衡志》称“果下马，滇亦有之，然不多，但供小儿骑乘，故不畜之也”。

　　《屏边苗族自治县》记载，早在西汉元鼎年间，屏边县并已划为进乘县地，说明在这之前，屏边县并已经有人生活。据康熙广西府志弥勒州(管辖屏边县)物产志记载：“兽之属：牛、马、驴、骡、……”。

　　苗族等少数民族群众长期居住在山高坡陡、道路崎岖、交通不便的山区，矮马一直是人们驮挽及骑乘的主要交通工具，同时，在苗族群众每年的传统节日花山节等重大节日中，“赛马会”往往是重要的活动之一。因此，云南矮马是在特殊的自然环境与社会环境中，在相对封闭的山区，经长期的自然与人工选择而形成，并适应当地炎热、湿热的气候和山地陡峭需要、以驮运骑乘之用为主的品种。